Dãy Kiso (木曽山脈, Kiso Sanmyaku), hay Alps Trung tâm (中央アルプス, Chūō Arupusu) nằm trên địa phận các tỉnh Gifu và Nagano. Khác với hai dãy núi còn lại, Kiso không có đỉnh nào cao trên 3000m và các mạch núi đều chạy theo một chiều Bắc-Nam. Số lượng chi thực vật hệ núi cao ở đây rất lớn.